1. 分离机制的不同

正相色谱：固定相极性强（如硅胶、氧化铝），流动相极性弱（如己烷、氯仿）。分离主要靠极性吸附作用。极性强的组分在柱上滞留时间更长。

反相色谱：固定相极性弱（如C18, C8，碳链硅胶），流动相极性强（水/甲醇、乙腈等）。分离靠疏水作用。极性弱（非极性）的组分在柱上滞留时间更长。

2. 分离对象不同

正相色谱擅长分离中高极性、含官能团的物质，适用于油脂类、部分有机小分子、多糖、类固醇等。

反相色谱更适合分离中低极性、非极性或带轻微极性的化合物，如药物、环境污染物、多肽等，是目前应用最广的液相色谱模式。

3. 样品溶解性和流动相兼容性要求不同

正相色谱需要样品溶解在非极性溶剂中；反相色谱适合水溶性、极性样品。

4. 色谱选择性互补

同一混合物在正相和反相色谱上有完全不同的分离效果。根据化合物的极性特性，“正反相搭配使用”能极大扩展色谱分离范围和灵活性。

某些物质在其中一种条件下难以分离，需要用另一种相分离。

5. 色谱发展历史

起初色谱采用极性硅胶作固定相——即正相色谱，是色谱的“原型”。

后来加入烷基化改性的硅胶（C18等）作为固定相，更适合极性流动相，分离能力更强，并能适应生物大分子和多种药物分析，形成了反相色谱。